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Formation tout au long de la vie

Institut national supérieur des sciences agronomiques, agroalimentaires, horticoles et du paysage

Interprétation de listes de gènes et réseaux de gènes

TYPE DE FORMATION : Inter-entreprise

En partenariat avec :

Logo partenaire

Contexte

AGROCAMPUS OUEST, en lien avec la plateforme Bioinformatique GenOuest et l'INRA, propose une formation centrée sur l'analyse de données haut-débit issues des microarrays et des technologies de séquençage haut-débit (RNA-seq et ChIP-seq) incluant les traitements bio-informatiques (RNA-seq et ChIP-seq), les traitements statistiques (microarrays et RNA-seq) et l'interprétation biologique de listes de gènes d'intérêt jusqu'à la réalisation et visualisation de réseaux de gènes. Cette formation a pour objectif de vous donner les éléments théoriques et pratiques vous permettant d'être autonome dans l'analyse de vos données. Cette formation à la carte se compose de 8 modules indépendants, les 2 premiers modules destinés à des débutants, permettent d'acquérir si nécessaire, les prérequis informatiques à R et/ou UNIX.

Objectifs

S'initier aux traitements statistiques les plus courants
pour :
- interpréter biologiquement une liste de gènes d'intérêt,
- réaliser et visualiser des réseaux de gènes.

Programme

1. Les bases d'annotations fonctionnelles :
GO / KEGG...

2.Interprétation biologique d'une liste de gènes :
Méthode par test d'enrichissement sous R, David et String / Méthode GSEA sous R et interface GSEA.

3. Réseau de gènes : Méthodes utilisant les corrélations brutes :
Méthode et package WGCNA.

4. Réseaux de gènes - méthodes utilisant les corrélations partielles :
Corrélations partielles et modèles graphiques gaussiens.

5. Réseaux de gènes - outils de visualisation :
Outils sous R / Cytoscape.

Responsable(s)

Sandrine LAGARRIGUE
AGROCAMPUS OUEST

Public concerné

Acteurs de la recherche et de la R&D
Doctorants
Secteur public et privé

Pré-requis

Nécessité de suivre le module 'Initiation à R' si pré-requis non assimilés

Session(s)

• du 14 février 2019 au 15 février 2019

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Document non contractuel

CONTACTS

AGROCAMPUS OUEST

Service de formation continue

formco@agrocampus-ouest.fr

Campus de Rennes
tél : +33 (0)2 23 48 55 27