Contexte

La formation Omic & NGS - Rennes - d'abord focalisée dans les années 2000 sur l'analyse des données à haut-débit issues des microarrays - est depuis plusieurs années centrée sur l'étude du transcriptome et de l'épigénome, au travers de modules focalisés sur le RNA-seq, le ChIP-seq, et sur l'interprétation biologique de listes de gènes d'intérêt, par le biais notamment de la construction de réseaux de gènes.

Cette formation annuelle à la carte se compose de 8 modules indépendants de 2 jours, vous permettant de construire de façon évolutive la fomration la plus adaptée à vos besoins. 2 des 8 modules sont dédiés à l'initiation aux langages R et UNIX, permettant ainsi aux débutants d'acquérir les pré-requis nécessaires aux autres modules.

Objectifs

S'initier aux commandes de base indispensables pour la manipulation des gros fichiers générés par les nouvelles technologies de séquençage à haut débit.

Connaître les commandes permettant d'accéder à un serveur distant où se trouvent généralement les données d'intérêt.

Programme

1. Initiation au système UNIX et aux principales commandes :
Le choix d'UNIX et ses particularités,
Principe de gestion de données,
Commandes essentielles à UNIX,
Traitements de fichiers : Savoir extraire ou supprimer des lignes ou des colonnes / Changer le format d'un fichier / Fusionner des données / Chercher des données dans un fichier / Rapide introduction à AWK.

2. Analyse sur un cluster de calcul :
Topologie d'un cluster,
Commandes essentielles,
Modes direct ou batch ?

3. Notions avancées d'UNIX :
Qu'est-ce qu'un SHELL ?
Notion de variables d'environnement,
Gestion des processus.

4. Automatisation :
Introduction aux scripts UNIX,
Les boucles de traitements,
Analyse massive sur un cluster.

Responsable(s)

Sandrine Lagarrigue
Frédéric Lecerf

Public concerné

Secteurs académique ou privé,
Acteurs de la recherche et R&D
(ingénieurs, techniciens, chercheurs, cliniciens, post-doctorants, doctorants, stagiaires...)

Pré-requis

Ce module est obligatoire pour toute personne n'ayant pas les pré-requis nécessaires pour suivre les modules suivants : 'RNA-seq : Analyse bio-informatique sous UNIX' et 'ChIP-seq et ATAC-seq : analyses bio-informatique et statistique'

Informations particulières

Tarifs préférentiels pour les académiques, nous consulter.