Contexte

AGROCAMPUS OUEST, en lien avec la plateforme Bioinformatique GenOuest et l'INRA, propose une formation centrée sur l'analyse de données haut-débit issues des microarrays et des technologies de séquençage haut-débit (RNA-seq et ChIP-seq) incluant les traitements bio-informatiques (RNA-seq et ChIP-seq), les traitements statistiques (microarrays et RNA-seq) et l'interprétation biologique de listes de gènes d'intérêt jusqu'à la réalisation et visualisation de réseaux de gènes. Cette formation a pour objectif de vous donner les éléments théoriques et pratiques vous permettant d'être autonome dans l'analyse de vos données. Cette formation à la carte se compose de 8 modules indépendants, les 2 premiers modules destinés à des débutants, permettent d'acquérir si nécessaire, les prérequis informatiques à R et/ou UNIX.

Objectifs

S'initier aux commandes de base indispensables pour la manipulation des gros fichiers générés par les nouvelles technologies de séquençage à haut débit.

Programme

1. Initiation au système UNIX et aux principales commandes :
Le choix d'UNIX et ses particularités,
Principe de gestion de données,
Commandes essentielles à UNIX,
Traitements de fichiers : Savoir extraire ou supprimer des lignes ou des colonnes / Changer le format d'un fichier / Fusionner des données / Chercher des données dans un fichier / Rapide introduction à AWK.

2. Analyse sur un cluster de calcul :
Topologie d'un cluster,
Commandes essentielles,
Modes direct ou batch ?

3. Notions avancées d'UNIX :
Qu'est-ce qu'un SHELL ?
Notion de variables d'environnement,
Gestion des processus.

4. Automatisation :
Introduction aux scripts UNIX,
Les boucles de traitements,
Analyse massive sur un cluster.

Responsable(s)

Sandrine LAGARRIGUE
AGROCAMPUS OUEST

Public concerné

Acteurs de la recherche et de la R&D
Doctorants
Secteur public et privé

Informations particulières

Module obligatoire pour toute personne n'ayant pas les pré-requis nécessaires pour suivre les modules suivants :
- RNA-seq : Analyse bio-informatique sous UNIX,
- ChIP-seq.