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Formation tout au long de la vie

Institut national supérieur des sciences agronomiques, agroalimentaires, horticoles et du paysage

Initiation à R

TYPE DE FORMATION : Inter-entreprise

En partenariat avec :

Logo partenaire

Contexte

AGROCAMPUS OUEST, en lien avec la plateforme Bioinformatique GenOuest et l'INRA, propose une formation centrée sur l'analyse de données haut-débit issues des microarrays et des technologies de séquençage haut-débit (RNA-seq et ChIP-seq) incluant les traitements bio-informatiques (RNA-seq et ChIP-seq), les traitements statistiques (microarrays et RNA-seq) et l'interprétation biologique de listes de gènes d'intérêt jusqu'à la réalisation et visualisation de réseaux de gènes. Cette formation a pour objectif de vous donner les éléments théoriques et pratiques vous permettant d'être autonome dans l'analyse de vos données. Cette formation à la carte se compose de 8 modules indépendants, les 2 premiers modules destinés à des débutants, permettent d'acquérir si nécessaire, les prérequis informatiques à R et/ou UNIX.

Objectifs

S'initier à la manipulation des objets et fonctions de R les plus courants et les plus utiles dans le cadre de l'analyse de données-omiques.

Programme

1. R et ses objets :
Se familiariser avec l'environnement R / les fonctions simples de R / des objets de R, les créer, les manipuler (vecteurs de logiques et de facteurs, matrices et dataframe, listes) / les opérateurs de comparaisons.

2. Le cas particulier du format « tableau » (dataframe) :
Importer, extraire ou modifier des données d'un tableau / Fusionner des tableaux / Appliquer des fonctions très utiles et spécifique au dataframe.

3. Comment débuter une session R :
Définition du répertoire de travail / Importation et chargement de librairies / Importation des données / Création et exécution d'un script.

4. Découverte et manipulation de plusieurs fonctionnalités de R au travers de l'analyse d'un jeu de données très simple :
Utilisation de fonctions graphiques de base / Utilisation de fonctions d'analyses statistiques de base / Automatisation d'un traitement simple (découverte des fonctions apply) / Automatisation d'un traitement complexe (développement de fonctions).

5.Comment terminer une session R

Responsable(s)

Sandrine LAGARRIGUE
AGROCAMPUS OUEST

Public concerné

Acteurs de la recherche et de la R&D
Doctorants
Secteur public et privé

Informations particulières

Module obligatoire pour toute personne n'ayant pas les pré-requis nécessaires pour suivre les modules suivants : RNA-seq : Analyse statistique / Microarray : Analyse statistique / Réseaux de gènes / ChIP-seq

Session(s)

• du 23 janvier 2019 au 24 janvier 2019

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Document non contractuel

CONTACTS

AGROCAMPUS OUEST

Service de formation continue

formco@agrocampus-ouest.fr

Campus de Rennes
tél : +33 (0)2 23 48 55 27