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Formation tout au long de la vie

Institut national supérieur des sciences agronomiques, agroalimentaires, horticoles et du paysage

RNA-seq : Analyse bio-informatique sous UNIX

TYPE DE FORMATION : Inter-entreprise

En partenariat avec :

Logo partenaire

Contexte

AGROCAMPUS OUEST, en lien avec la plateforme Bioinformatique GenOuest et l'INRA, propose une formation centrée sur l'analyse de données haut-débit issues des microarrays et des technologies de séquençage haut-débit (RNA-seq et ChIP-seq) incluant les traitements bio-informatiques (RNA-seq et ChIP-seq), les traitements statistiques (microarrays et RNA-seq) et l'interprétation biologique de listes de gènes d'intérêt jusqu'à la réalisation et visualisation de réseaux de gènes. Cette formation a pour objectif de vous donner les éléments théoriques et pratiques vous permettant d'être autonome dans l'analyse de vos données. Cette formation à la carte se compose de 8 modules indépendants, les 2 premiers modules destinés à des débutants, permettent d'acquérir si nécessaire, les prérequis informatiques à R et/ou UNIX.

Objectifs

S'initier aux commandes de base pour prétraiter vos données de séquençage RNA-seq, depuis des données brutes jusqu'au tableau de comptage des lectures (voir module 4 pour l'analyse statistique de ces données).

Programme

1. Les étapes de prétraitement des données :
qualité des données brutes / recherche de contamination / trimming des données brutes / alignements splicés sur génome de référence / prise en considération des artefacts de séquençage (multialignement, duplicats optiques).

2. Exploration des données alignées :
qualité des alignements et des librairies / saturation des librairies / clusterisation des échantillons.

3. Visualisation (sous UCSC et IGV) :
utilisation de la base de données Ensembl / préparation d'une référence annotée pour IGV.

4. Mesure de l'expression :
comptage par gène et exon / comptage par transcrit.

A l'issue de ce programme et à la demande des participants, pourront être arbordés :
la modélisation de transcrits,
la détection de variants sur données RNA-seq,
les problématiques spécifiques aux données sur lesquelles ils souhaitent travailler.

Responsable(s)

Sandrine LAGARRIGUE
AGROCAMPUS OUEST

Public concerné

Acteurs de la recherche et de la R&D
Doctorants
Secteur public et privé

Pré-requis

Nécessité de suivre le module 'Initiation à la gestion de grandes données bio-informatiques' (UNIX).

Session(s)

• du 29 janvier 2019 au 30 janvier 2019

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Document non contractuel

CONTACTS

AGROCAMPUS OUEST

Service de formation continue

formco@agrocampus-ouest.fr

Campus de Rennes
tél : +33 (0)2 23 48 55 27