Contexte

AGROCAMPUS OUEST, en lien avec la plateforme Bioinformatique GenOuest et l'INRA (SIGENAE), propose une formation centrée sur l'analyse de données haut-débit issues des microarrays et des technologies de séquençage haut-débit (RNA-seq et ChIP-seq) incluant les traitements bio-informatiques (RNA-seq et ChIP-seq), les traitements statistiques (microarrays et RNA-seq) et l'interprétation biologique de listes de gènes d'intérêt jusqu'à la réalisation et visualisation de réseaux de gènes. Cette formation a pour objectif de vous donner les éléments théoriques et pratiques vous permettant d'être autonome dans l'analyse de vos données. Cette formation à la carte se compose de 8 modules indépendants, les 2 premiers modules destinés à des débutants, permettent d'acquérir si nécessaire, les prérequis informatiques à R et/ou UNIX.

Objectifs

S'initier aux traitements statistiques de données RNA-seq les plus courants.

Programme

1. Overview des différentes utilisations et questions de recherche liées aux données de RNA-seq :
Identification de nouveaux gènes/isoformes / Détection de polymorphisme / Analyse du polymorphisme conjointement à l'expression (editing, ASE, empreinte) / Analyse de l'expression (focus du présent module).

2. Plan d'expériences

3. Exploration des données :

Expression brutes / Normalisation RPKM et TPM.

4. Quels sont les gènes différentiellement exprimés entre conditions analysées ?
Normalisation / Analyse différentielle (EdgeR, DEseq2) / Filtre des gènes dits non exprimés (HTSfilter) / Correction pour les tests multiples.

Responsable(s)

Sandrine LAGARRIGUE
AGROCAMPUS OUEST

Public concerné

Acteurs de la recherche et de la R&D
Doctorants
Secteur public et privé

Pré-requis

Nécessité de suivre le module 'Initiation à R (module 2/8)' si pré-requis non assimilés