Contexte

La formation Omic & NGS - Rennes - d'abord focalisée dans les années 2000 sur l'analyse des données à haut-débit issues des microarrays - est depuis plusieurs années centrée sur l'étude du transcriptome et de l'épigénome, au travers de modules focalisés sur le RNA-seq, le ChIP-seq, et sur l'interprétation biologique de listes de gènes d'intérêt, par le biais notamment de la construction de réseaux de gènes.

Cette formation annuelle à la carte se compose de 8 modules indépendants de 2 jours, vous permettant de construire de façon évolutive la fomration la plus adaptée à vos besoins. 2 des 8 modules sont dédiés à l'initiation aux langages R et UNIX, permettant ainsi aux débutants d'acquérir les pré-requis nécessaires aux autres modules.

Objectifs

S'initier aux traitements statistiques les plus courants de données Microarray.

Programme

1. Exploration et pré-traitement des données Microarray :
Origine des données et caractéristiques / Importation du jeu de données de microarray / Recherches d'individus ou sondes « aberrants » / Sélection de gènes dits exprimés.

2. Quels sont les gènes différentiellement exprimés entre conditions analysées ?
Package Limma / Analyse de variance / Correction pour les tests multiples.

3. Y-a-t-il des groupes de gènes ou d'individus présentant des profils similaires ?
Classification ascendante hiérarchique.

Responsable(s)

Sandrine LAGARRIGUE
David CAUSEUR

Public concerné

Secteurs académique ou privé,
Acteurs de la recherche et R&D
(ingénieurs, techniciens, chercheurs, cliniciens, post-doctorants, doctorants, stagiaires...)

Pré-requis

Être sensibilisé à R - possibilité de suivre le module Initiation à R.

Informations particulières

Tarifs préférentiels pour les académiques, nous consulter.