Contexte

Avec le développement des puces à SNP haut débit, les génotypages sont devenus une nouvelle donnée incontournable en sélection animale. Après plusieurs étapes de contrôle des données, les génotypages associés aux phénotypes permettent d'identifier des régions chromosomiques impliqués dans la variabilité génétique de caractères d'intérêt (QTL) et/ou de réaliser une sélection génomique des futurs reproducteurs d'une population. Cette nouvelle méthodologie de calcul des valeurs génétiques permet des gains de progrès génétique par rapport au BLUP.

Objectifs

Manipuler des fichiers de génotypages (nettoyage de fichiers, conversion de formats, imputation') en vue d'une détection de QTL ou d'une sélection génomique.

Programme

La formation se déroulera sous forme de cours +TD sur les thèmes suivants :
- contrôle qualité des génotypages
- vérification de pedigree à partir des génotypages
- imputations de génotypages basse densité
- détection de QTL par analyse d'association
- sélection génomique par single step

Responsable(s)

Sophie Allais et Pascale Le Roy

Public concerné

Ingénieurs, techniciens

Pré-requis

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Informations particulières

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