ChIP-seq et ATAC-seq : analyses bio-informatique et statistique
TYPE DE FORMATION : Inter-entreprise
En partenariat avec :
Contexte | La formation Omic & NGS - Rennes - d'abord focalisée dans les années 2000 sur l'analyse des données à haut-débit issues des microarrays - est depuis plusieurs années centrée sur l'étude du transcriptome et de l'épigénome, au travers de modules focalisés sur le RNA-seq, le ChIP-seq, et sur l'interprétation biologique de listes de gènes d'intérêt, par le biais notamment de la construction de réseaux de gènes.
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Objectifs | Ce module vise à offrir aux participants les clés nécessaires au traitement informatique et statistique de données épigénomiques basées sur l'immunorpécipitation de la chromatine comme le ChIP-seq (facteurs de transcription et modifications d'histone) et les technologies dérivées (iChIp-seq, ChIP-exo, RIP-seq, MeDIP-seq, HITS-CLIP) ainsi qu'aux données épigénomiques aux propriétés similaires (ATAC-seq, DNase-seq, FAIRE-seq, MNase-seq).
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Programme | 1. Les étapes de prétraitement des données :
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Responsable(s) | Sandrine LAGARRIGUE
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Public concerné | Secteurs académique ou privé,
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Pré-requis | Être sensibilisé à Unix et R - possibilité de suivre les modules Initiation à UNIX et à la gestion des big data et Initiation à R |
Informations particulières | Des tarifs préférentiels pour les académiques, nous consulter. |
Session(s) |
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Document non contractuel
CONTACTS
AGROCAMPUS OUEST
Service de formation continue
Campus de Rennes
tél : +33 (0)2 23 48 55 27